甲方代付农民工工资,乙方发票税款怎么办

甲方代付工资时，乙方税款需按规定处理。依据《个人所得税法》，工资超5000需缴税，可由扣缴义务人代扣。不及时处理可能导致税务违规，面临罚款等严重后果。
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乙方税款处理需合规。具体操作：1. 若乙方为单位员工，甲方作为扣缴义务人，需在发放工资时代扣个人所得税；2. 若乙方非单位员工，应自行向税务机关申报纳税，甲方无需代扣；3. 乙方应关注个人所得税抵扣项目，如养老、教育等支出，以降低税负。
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处理乙方发票税款，常见方式有代扣代缴、自行申报。选择时需考虑乙方是否为单位员工及税务管理便捷性，单位员工建议代扣代缴，非员工则自行申报。